Niels Bohr Institutet (oprindelig Københavns Universitets Institut for Teoretisk Fysik, men kendt under det nuværende navn – først uofficielt, senere officielt – og fortsat med den gamle stavemåde "Institutet") er et institut på Københavns Universitet, der blev grundlagt af Niels Bohr i 1920.
I 1920'erne og 1930'erne spillede instituttet en central rolle i udviklingen af teorierne vedrørende atomfysik og kvantefysik. Fysikere fra hele Europa og omverdenen besøgte instituttet for at diskutere nye teorier med Bohr. Københavnerfortolkningen af kvantemekanikken har fået sit navn fra det arbejde der blev udført i København i denne periode.
Instituttet har fostret adskillige nobelpristagere – specielt i mellemkrigstiden.
I 2010 indstiftedes Niels Bohr Institutets Æresmedalje i anledning af 125-året for Niels Bohrs fødsel.